【摘要】【目的】探究牦牛3个部位肌肉品质差异的分子机理。【方法】采集牦牛肩肉(shoulder,Sh)、外脊肉(striploin,St)、黄瓜条(silverside,Si),采用高通量测序方法对其转录组进行测序,数据经过滤后采用FPKM筛选Sh/Si、St/Si、St/Sh的差异表达基因,对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。随机选取4个差异表达基因(2个上调基因BARX2和HOXA13,2个下调基因HOXC8和LOC112441511),采用实时荧光定量PCR法(RT-q PCR)对其表达水平进行验证。【结果】测序后对数据质量进行分析,结果表明测序数据质量可靠。差异表达分析显示,Sh/Si的差异表达基因为607个,上调和下调基因分别为419和188个;St/Si的差异表达基因为713个,上调和下调基因分别为445和268个; St/Sh的差异表达基因为295个,上调和下调基因分别为132和163个。GO功能注释分类与KEGG通路分析发现,3个部位差异表达基因的主功能有离子运输、离子跨膜运输、细胞核、肌动蛋白基础纤维突起和阴离子输运等,富集的主要信号通路有氧化磷酸化、氮代谢和MAPK等。RT-q PCR结果证实了RNASeq结果的可靠性。【结论】NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白(NDUFS6)、NADH脱氢酶(泛醌)1-亚复合物亚基8(NDUFB8)、成纤维细胞成长因子-7(FGF7)、细丝蛋白C(FLNC)、碳酸酐酶14前体(CA14)和碳酸酐酶3(CA3)基因等可能是牦牛肉品质调控的主要基因。