【摘要】【目的】研究玛柯河河流沉积物中细菌多样性、群落结构,以及环境因子对细菌群落分布的影响,了解玛柯河水体环境变化演替的趋势,为保护和治理玛柯河水体环境、保护珍稀鱼类物种提供了理论依据。【方法】于丰水期和枯水期,分别在玛柯河青海段设置8个采样点,采集河床底部向下1～2 cm处的沉积物,利用高通量测序分析技术对8个典型区域的河流沉积物细菌多样性进行分析,包括宏基因组测序及18S r DNA扩增子测序,利用生物信息学手段进行分析。【结果】在丰水期,玛柯河青海段河流沉积物中细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期。变形菌门(Proteobacteria)是丰水期和枯水期的主要优势门;δ-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)是丰水期和枯水期主要优势纲。8个采样点间细菌群落组成差异大于组内差异,且不同分组之间差异极显著。枯水期和丰水期的8个采样点中分别有83个类群和73个类群表现出显著差异,组间差异贡献较大的均是α-变形菌纲和γ-变形菌纲。沉积物Ni含量、水体NH4+是影响丰水期和枯水期河流沉积物细菌群落分布的重要环境因子,Cu、TN、TP是影响细菌群落多样性及丰富度的主要环境因子。【结论】枯水期与丰水期各采样点基于门水平的第一优势菌门均为变形菌门,丰水期细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期,TN和TP是影响细菌群落多样性及丰富度的重要因素。