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鸭脂肪生成相关的miR-184-3p分析及关键靶基因筛选

2023-12-14分类号:S834

【作者】金四华   贾富民   冯璐   税斐   王鑫   方毅   常亮   李欣   耿照玉
【部门】安徽农业大学动物科技学院  
【摘要】为筛选miR-184-3p影响鸭脂肪生成的关键靶基因,本研究首先利用在线数据库预测miR-184-3p靶基因,并对靶基因进行富集分析和蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络构建,寻找网络图中有意义的模块,然后分析靶基因在脂肪中的表达,再依据microRNA对靶基因负相关的作用机制筛选关键靶基因。最后,通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明:1)共获得225个靶基因。2)GO富集分析显示,靶基因参与细胞和大分子生物合成过程的负调控过程;KEGG富集结果包含Notch信号传导途径、动物线粒体自噬和内吞作用3条显著通路。3)PPI网络图共筛选4个核心基因;4)表达谱分析共筛选到4个基因,DVL3(Dishevelled segment polarity protein 3)、HOXA9(homeobox A9)、LIFR(LIF receptor subunit alpha)和SPECC1L(Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1 like);而RNA22 v2评估结果显示,仅LIFR存在P<0.05的结合位点。综上,miR-184-3p很可能通过靶向DVL3、HOXA9、LIFR和SPECC1L影响鸭脂肪发育,其中LIFR尤为重要。本研究为进一步研究鸭miR-184-3p提供了理论基础和数据支撑。
【关键词】鸭  miR-184-3p  脂肪生成  生物信息学
【基金】高校优秀青年人才支持重点项目(gxyqZD2022017);; 安徽省教育厅高校自然科学研究重点项目(2022AH050928);; 安徽省科技重大专项(201903a06020018和202103b06020015);; 安徽省高校协同创新项目(GXXT-2021-052);; 校级质量工程项目(2022yjsjy03和2022auxqhz002);; 高校产学研合作项目(KJ2021565和KJ2021357);; 教育部产学合作协同育人项目(221000488095409)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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