【摘要】【目的】旨在分析简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)在粳稻（Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析全基因组中SSR在基因座5'侧翼区、3'侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。【结果】随着5'侧翼区距起始密码子距离的增加，SSR的相对频率(某一区域的频率与基因组频率的比值)逐渐下降，且在1～500 bp区域内大于1.50；在外显子区和3'侧翼区，SSR的相对频率略大于1.00，而内含子区SSR的相对频率明显小于1.00。进一步分析发现，在5'侧翼区，CCG、AGG和AG这3类SSR的频率最高，其相对频率分别在1～200、1～400、1～600 bp区间内大于1.50；在3'侧翼区，A、ATCG、AAG和AATT等4类SSR表现出较高的频率和较高的相对频率，但它们的相对频率大于1.50的区域并不相同；外显子区的SSR大多数为三碱基类型，其中，CCG、AGG、ACG、AGC和ACC这5种高C/G含量的SSR类型在外显子区的频率和相对频率均较高；在内含子区，A具有较高的频率和相对频率。【结论】SSR在基因座5'侧翼区大约1～500 bp范围内特异性出现，CCG、AGG和AG为主要的3个特异性分布SSR类型；外显子区和3'侧翼区的SSR频率与基因组频率接近，前者的SSR类型以C/G含量较高的三碱基类型，即CCG、AGG、ACG、AGC和ACC为主，后者以A、ATCG、AAG和AATT为主；而内含子区较少出现SSR，但A为主要的特异性分布类型。本研究可为更好地理解SSR的功能和开发水稻SSR分子标记提供参考。