【摘要】为了深入了解本地日本沼虾的遗传特性，为育种选育提供理论支撑，利用微卫星分子标记技术，对大龙虎泡日本沼虾进行遗传多样性比较分析。结果显示，12个微卫星位点均属于高多态性位点(PIC>0.5);太湖2号养殖群体的等位基因数为4～11,有效等位基因为3.686 4～7.480 5,观测杂合度为0.318 2～0.833 3,期望杂合度为0.744 9～0.884 8;各位点的多态性为0.691 9～0.851 7,属于高遗传多样性的群体。大龙虎泡野生群体等位基因数为1～2,有效等位基因为1.00 0 0～2.000 0,观测杂合度为0.000 0～1.000 0,期望杂合度为0.000 0～0.517 2,各位点的多态性为0.000 0～0.375 0,属于遗传多样性较低的群体。2个群体均有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡，大龙虎泡野生群体另出现3个位点无法进行Hardy-Weinberg平衡检验。太湖2号养殖群体的7个位点表现出来的是杂合子缺失，大龙虎泡野生群体的7个表现的是杂合子过剩。分子方差分析显示，有36.15%(P<0.01)的遗传变异来源于群体间，而63.85%(P<0.01)的变异来源于群体内。与太湖2号养殖群体的遗传相似度为0.276 9,遗传距离为1.284 3,这2个群体遗传相似度低，遗传距离远，存在很大的遗传差异。2个群体的遗传分化指数F_(ST)为0.361 53(P<0.01),遗传分化程度明显。种群遗传结构分析结果显示，最佳K值为3,说明这2个种群有3个可能的祖先。大龙虎泡野生群体遗传多样性水平较低，提示对大龙虎泡野生群体种质资源的保护刻不容缓。