【摘要】【目的】探究新疆核桃树、苹果树以及杨树枝干发生腐烂病后对枝干皮层真菌群落的影响，为微生物防治腐烂病提供参考依据。【方法】基于高通量ITS扩增子测序方法，以新疆核桃树、苹果树以及杨树3种林果健康枝干作为对照，分别分析3种林果发生腐烂病后枝干皮层中真菌群落结构的变化，解析腐烂病与微生物群落的关系。【结果】新疆核桃树、苹果树以及杨树3种林果健康枝干的真菌群落多样性和丰富度都大于发病枝干的，表明腐烂病对枝干皮层真菌群落产生了影响。门水平，核桃树、苹果树和杨树健康枝干与感病枝干皮层优势菌门均为子囊菌门（Ascomycota）。属水平，核桃树健康枝干皮层（WH）的优势属为链格孢属（Alternaria），发病枝干皮层（WD）的优势属为隐球壳属（Cryptosphaeria）；杨树健康枝干皮层（PH）的优势属为球腔菌属（Mycosphaerella），发病枝干皮层（PD）的优势属为黑腐皮壳属（Valsa）；苹果树健康枝干皮层（AH）的优势属为亚隔孢壳属（Didymella），发病枝干皮层（AD）的优势属为层孔菌属（Fomes）和黑腐皮壳属（Valsa）。【结论】发生腐烂病后，新疆核桃树、苹果树以及杨树3种林果树枝干皮层真菌群落结构发生改变。该研究可为基于微生物群落的变化防治植物病害提供一定的理论依据。