【摘要】【目的】明确中国黑龙江、四川和海南省稻作区水稻穗腐病病原种类及优势致病菌，为水稻穗腐病的精准防控提供参考。【方法】在黑龙江、四川和海南省的13个水稻主要生产区采集水稻穗腐病样品，通过组织分离和单孢分离法，共分离纯化到568个菌株，对各菌株进行形态学鉴定，结合rDNA-ITS序列分析及科赫氏法则验证，明确13个水稻主要生产区穗腐病病原菌种类，分析其优势菌株及致病特征。【结果】黑龙江省水稻穗腐病病原有弯孢菌属、链格孢属和镰孢菌属3类，分别占总病原菌数的1.10%、83.43%和15.47%，链格孢属为该省份的优势菌种。海南省水稻穗腐病病原有弯孢菌属、镰孢菌属、黑孢霉属、毛色二孢属及蠕孢菌属5类，分别占总病原菌数的1.62%、89.47%、0.81%、1.62%和6.48%，镰孢菌属为该省份的优势菌种。四川省水稻穗腐病病原有弯孢菌属、链格孢属、镰孢菌属、黑孢霉属、蠕孢菌属5类，分别占总病原菌数的23.57%、13.47%、22.86%、16.43%和23.57%，无优势菌种。根据分生孢子及菌落形态差异筛选出具有代表性的23个菌株，结合rDNA-ITS序列分析及科赫氏法则验证，明确了水稻穗腐病的致病菌有弯孢菌属的新月弯孢（Curvularia lunata），链格孢属的细交链格孢（Alternaria tenuissima）、链格孢（A. alternata）、芸薹链格孢（A. brassicae），镰孢菌属的拟轮枝镰孢（Fusarium verticillioides）、新知镰孢（F. andiyazi）、木贼镰孢（F. equiseti）、变红镰孢（F. incarnatum）、厚垣镰孢（F. chlamydosporum），黑孢霉属的稻黑孢（Nigrospora oryzae）、球黑孢霉（N. sphaerica），毛色二孢属的可可毛色二孢（Lasiodiplodia theobromae）及蠕孢菌属的嘴突凸脐蠕孢（Exserohilum rostratum）。分别于孕穗期和抽穗扬花期接种穗腐病致病菌，发现无论是粳稻还是籼稻品种，海南省致病菌在水稻抽穗扬花期接种后平均病情指数均高于孕穗期接种的平均病情指数；黑龙江和四川省的致病菌在抽穗扬花期接种的平均病情指数略低于孕穗期接种的平均病情指数。【结论】中国黑龙江、四川和海南省稻作区水稻穗腐病致病菌具有多样性，黑龙江省以链格孢属为优势菌种，海南省以镰孢菌属为优势菌种，四川省优势菌种不明显。