【摘要】【目的】通过系统性试验方案摸清我国华中部分地区猪圆环病毒3型（porcine circovirus 3）流行病学及遗传变异特点，为PCV3疫苗研究提供数据基础。【方法】对华中地区（湖北、湖南和河南）15个规模化养猪场的3 500份临床采集样品进行real-time PCR检测，分析不同猪群、不同组织器官、不同排毒量和对应流行病学症状特点关系。对部分阳性样本PCV3全基因组进行扩增、测序和分析。【结果】50.86%(1 780/3 500）被检样本为PCV3核酸阳性，不同发育阶段猪群PCV3均易感，保育猪、哺乳仔猪、生长育肥猪PCV3阳性率较高，分别为70.44%(498/707）、67.19%(596/887）、41.75%(177/424）。在不同组织器官和样品中，淋巴结、肺脏、产后胎盘样本PCV3阳性率为67.05%(59/88）、63.79%(74/116）、49.11%(55/112），血液、初乳样本PCV3阳性率分别为56.09%(502/895）、44.20%(278/629），且鼻拭子和唾液中均检出PCV3。出现猪繁殖障碍症状、厌食症状和呼吸障碍症状的猪群PCV3阳性率高，分别为44.43%(399/898）、36.43%(431/1183）、28.04%(233/831)。24条PCV3全基因组序列长度均为2000 nt，其全基因核苷酸序列同源性为98.4%—100%，与参考株PCV3全基因组的同源性为97.4%—99.5%。遗传进化分析结果显示，23株PCV3属于PCV3b亚型，1株属于PCV3a亚型。Rep氨基酸序列比对结果发现，PCV3-L2、L23和L14株分别在（N~(124)I)、（A~(183)E）和(V~(244)I)出现独特变异位点；Cap蛋白氨基酸序列比对结果发现，PCV3-L15、L21、L3和L19株分别在(T~(45)P)、（R~2K)、（R~(14)K)和（F~7L）出现独特变异位点。【结论】PCV3可感染不同发育阶段猪群，且分布于不同组织器官中；PCV3可通过垂直传播（如初乳和精液）和水平传播（如口鼻分泌物和唾液）感染猪群；PCV3感染可能与生猪繁殖障碍、呼吸障碍和多器官炎症和关节炎症密切相关。此外，被调查地区规模化猪场同时流行PCV3a和PCV3b两种亚型，其中PCV3b亚型为优势毒株。研究通过全基因组氨基酸序列分析发现部分独特变异位点位于Cap蛋白，这可能导致Cap蛋白赋予的免疫原性发生变化。对PCV3全基因序列的遗传进化做出详细阐述，为未来的PCV3疫苗研究奠定基础。