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禾本科植物内生真菌研究 22:Epichlo? festucae E2368基因组中非核糖体肽合成酶编码基因的挖掘与分析

2024-03-26分类号:Q933

【作者】纪燕玲   韩魁   茅冬梅   陈永敢   王志伟
【部门】南京农业大学生命科学学院  海南热带海洋学院水产与生命学院  
【摘要】[目的]Epichlo?内生真菌能够产生抵御牲畜和害虫啃食的生物碱,其中部分生物碱由非核糖体肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase,NRPS)合成。本研究拟分析E. festucae基因组内的NRPS编码基因,并预测其功能。[方法]以E. festucae E2368菌株基因组数据为对象,综合运用HMMER和全局比对等分析方法以及ClustScan、NRPS/PKS analysis和NCBI等数据库进行信息比对。[结果]确认了E2368基因组中含有至少19个候选NRPS基因,其中11个未在Epichlo?内生真菌中报道。序列比对结果表明候选基因均为真菌中已报道的序列,但其中8个基因的功能未知;同时E2368基因组中存在环孢菌素合成酶基因扩增现象。构建候选NRPS基因所有A结构域氨基酸序列发育树,发现不同NRPS基因的A结构域会聚到同一分枝,而相同NRPS基因的A结构域则分散于不同分枝,说明采用简并引物扩增NRPS基因存在一定的局限性。[结论]对E2368基因组中NRPS基因的挖掘,将有助于解析NRPS基因的多样性,促进对新的天然产物的发现和生物合成途径的认识。
【关键词】NRPS database  基因挖掘  生物碱  类似度分析  禾本科植物内生真菌
【基金】国家自然科学基金(30800156,30970081,31372365)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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