了哥王叶绿体基因组分析
2024-02-28分类号:S567.19
【部门】广东医科大学基础医学院 广东医科大学药学院 广东医科大学第一临床医学院
【摘要】【目的】阐明药用植物了哥王Wikstroemia indica的叶绿体基因组结构特点及系统进化地位,为了哥王的资源保护和可持续利用提供科学依据。【方法】采用Illumina测序平台进行了哥王叶绿体基因组测序,并通过生物信息技术和软件进行序列拼接、注释以及比对和系统进化分析。【结果】了哥王叶绿体基因组全长为149 864 bp,由86 347 bp的大单拷贝区(LSC)、10 601 bp的小单拷贝区(SSC)以及穿插在它们之间均为26 458 bp的一对反向重复区(IR)构成,具有环状双链四分体结构,包含124个基因。在了哥王叶绿体基因组中共找到64种24 180个密码子,其中30种为高频使用密码子,高频使用密码子中又有29种是以A/T结尾;搜索到93个简单重复序列(SSR),其中单核苷酸重复居多(72个),且以A或T及两者组合形成的基序为优势基序。了哥王与近缘植物的叶绿体基因组IR边界存在较为明显的变异。序列比较和系统进化树显示了哥王与同属细轴荛花W. nutans具有最高的序列同源性。【结论】了哥王叶绿体基因组具有植物叶绿体基因组的典型结构,有密码子使用偏好性,含多态性较为丰富的SSR,且与细轴荛花的亲缘关系最近。图5表2参24
【关键词】了哥王 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 序列比对 系统进化关系
【基金】广东省基础与应用基础研究基金项目(2018A030310116);; 广东省大学生创新创业训练计划项目(S202310571113);; 广东医科大学大学生创新创业训练计划项目(GDMU2022113,GDMU2022125)
【所属期刊栏目】浙江农林大学学报
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