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无籽刺梨及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析

2024-01-16分类号:S662.9

【作者】纵丹   黄嘉城   段晓盟   张晓琳   冯家玉   甘沛华   何承忠
【部门】西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室  西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室  
【摘要】【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系,为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列,包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究,包括基因组结构、重复序列、高变区序列以及基于叶绿体全基因组序列的系统发育关系。【结果】6种植物的叶绿体基因组呈环状四分体结构,其长度为156 561~156 749 bp,平均GC含量均为37.2%,且6种植物基因组的反向重复(inverted repeat, IR)区未表现出明显的扩张和收缩。在对蔷薇属植物叶绿体基因组序列进行比较分析时,筛选出了7个高变区序列,包括trnK-trnQ、psbM-trnY、ycf3-rps4、rps4-trnL、psbE-petG、rpl16 intron和ycf1。这些序列可作为候选标记,用于进一步研究蔷薇属植物的系统发育。同时,利用叶绿体全基因组序列重建了蔷薇属植物的系统发育树。结果表明,无籽刺梨和刺梨是独立的2个种类,其中无籽刺梨与贵州缫丝花有较近的亲缘关系,而刺梨与单瓣缫丝花有较近的亲缘关系。【结论】无籽刺梨及其近缘种之间叶绿体基因组结构高度相似,单拷贝区核苷酸多样性高于重复区。
【关键词】无籽刺梨  叶绿体基因组  高变区  系统发育
【基金】云南省专家工作站项目(202005AF150020);; 云南省产业技术领军人才项目(YUWR-CYJS-2020-018);; 云南省农业基础研究联合专项面上项目(202101BD070001-127)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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