【摘要】【目的】探究水栒子不同组织内生真菌多样性及其群落结构差异，为水栒子内生真菌的综合开发、利用提供一定的理论基础。【方法】利用高通量测序技术对水栒子不同组织内生真菌进行鉴定与分析。【结果】共获得1 590个OTUs序列，其中茎的OTUs数量最多(597个),其次为叶(545个),根最少(448个)。水栒子不同组织内生真菌的群落结构、丰度存在一定差异。各组织均以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门，其中，根、茎和叶的相对丰度分别为41.65%、22.29%和10.16%。球旋霉属(Spirosphaera,相对丰度8.89%)、Anguillospora(对丰度7.92%)、刺孢菌属(Subulicystidium,相对丰度2.10%)为根部优势属；亚隔孢壳属[Didymella(相对丰度2.52%)、Arthrocatena(相对丰度2.19%)]为茎部优势属；线黑粉酵母属(Filobasidium,相对丰度2.47%)、棘壳孢属(Pyrenochaeta,相对丰度2.05%)为叶部优势属。通过LEfSe分析发现，水栒子根、茎和叶都存在差异指示种，球旋霉属为根部差异指示种，Arthrocatena为茎部差异指示种，线黑粉酵母属为叶部差异指示种。【结论】水栒子不同组织内生真菌的种群结构存在差异；水栒子组织器官中内生真菌资源丰富。