【摘要】有为政府与有效市场的持续双向互动，是推动科技创新引领产业结构转型升级、实现高质量发展的关键。以迄今唯一的国家科技创新型试点城市合肥为例，借助合成控制法，基于1999—2020年中国160个地级市数据，构造与合肥尽可能相似的“合成合肥”,并比较“真实合肥”与“合成合肥”在产业结构转型升级上的差距和差异。研究发现：政府参与科技创新的政策干预对产业结构合理化影响不显著，而对产业结构高级化具有显著的促进作用且随着政策推行呈N形曲线变化；政策实施前期，政策效应快速释放，产业结构高级化水平显著提升，随着时间推移，产业结构高级化水平逐渐回落，但快速反弹再次跃升，实现对同期同类城市的加速超越。将实证检验结果与合肥案例的质化提炼相结合，全景阐释政府参与科技创新推动产业结构转型升级的内在机理，为制定实施新一轮的科技创新支持引导政策提供参考。