【摘要】基础研究是实现科技自立自强的基础，政府研发资助是保障基础研究投入的重要方式。本文从产学研关系出发，以高等学校和科研院所为研究对象，分析政府研发资助对基础研究投入的信号效应和合作效应。研究发现：(1)政府对高等学校、企业的研发资助会降低科研院所的基础研究投入，但政府面向科研院所、企业的研发资助对高等学校基础研究投入的影响不显著；(2)与企业的合作紧密度会扰乱高等学校对于政府研发资助的应用决策，对基础研究投入产生负面影响，但会引导科研院所争取更多基础研究的政府研发资助。本文揭示出资助对象选择在政府研发资助效果中的显著作用，并得出需要从产学研关系出发优化政府研发资助方式，以提升基础研究投入的启示。