茶树叶型性状的全基因组关联分析
2023-09-22分类号:S571.1
【部门】四川省农业科学院茶叶研究所 泸州市经济作物站 古蔺县农业农村局
【摘要】【目的】发掘与叶型性状关联的SNP位点,为茶树分子标记辅助育种提供参考依据。 【方法】对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序(GBS),并利用测序获得的863 468个SNP标记对叶长(YC)、叶宽(YK)、长宽比(CKB)、叶身(YS)、叶色(YSZ)、叶尖(YD)、叶脉对数(YM)和叶缘(YY)8个叶型性状开展基于广义线性模型(GLM(Q)模型的全基因组关联分析。【结果】在P<0.01条件下,其中6个性状共检测到38个显著SNP位点:分别是叶长(YC)关联到1个显著、长宽比(CKB)关联到24个、叶色泽(YSZ)关联到6个、叶尖(YD)关联到2个、叶脉对数关联到1个以及叶缘关联到4个。38个显著SNP位点对关联性状的解释率在31.37%~60.70%之间。进一步在显著位点上下游50 kbp区域内进行候选基因挖掘,共得到8个候选基因 :CSA011953(Sec11a)、CSA027293(CAD3)、CSA020561(GAE2 )、CSA008530(AIM1)、CSA008531(MFP)、CSA008532(AIM1)、CSA008763(CYP72A154)、CSA029592(RABG3F)。对候选基因进行GO和KEGG注释,根据注释结果初步预测基因CSA027293(CAD3)与长宽比(CKB)、CSA008763(CYP72A154)与叶色(YSZ)紧密关联。【结论】38个茶树叶型性状显著关联的SNP位点发掘与2个候选基因预测,可为茶树调控叶型基因精确定位、分子标记辅助育种提供基因资源和参考依据。
【关键词】茶树 SNP标记 叶型 关联分析
【基金】四川省自然基金项目(2023NSFSC0163);; 四川茶叶创新团队特色新品种选育及示范推广(sccxtd-2023-10);; 四川省财政自主专项(2022ZZCX055);; 四川省“十四五”茶树育种攻关项目(2021YFYZ0025);; 四川省农业科学院“1+9”揭榜挂帅科技攻关
【所属期刊栏目】西南农业学报
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