2个候选lncRNA的克隆、序列分析及其在奶牛乳腺上皮细胞炎症反应中的表达
2023-09-22分类号:S858.23
【部门】宁夏大学动物科技学院 宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室
【摘要】【目的】为探究2个候选lncRNA(lncRNA TCONS-72171和lncRNA TCONS-62349)在奶牛乳腺上皮细胞炎症模型中的表达与功能分析。【方法】利用基因克隆和测序技术验证候选lncRNA的真实性;并进行候选lncRNA序列同源性、亚细胞定位、靶基因预测及KEGG信号通路分析。此外,利用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导奶牛乳腺上皮细胞产生炎症反应;采用RT-qPCR技术检测LPS诱导0、3、6和12 h的奶牛乳腺上皮细胞内上述2个候选lncRNAs的表达情况。【结果】奶牛lncRNA TCONS-72717和lncRNA TCONS-62349真实存在,且在部分物种间高度保守;上述2个lncRNA在LPS诱导的奶牛乳腺上皮细胞中表达均呈极显著上调(P<0.01),且分别主要位于细胞质与细胞核。靶基因预测与KEGG信号通路分析预测结果显示,上述2个lncRNA的潜在靶基因(LCP2、ALOX12和ASGR1等)可能通过JAK-STAT、NF-κB和MAPK等炎症相关的信号通路而发挥调控细胞炎症的作用。【结论】表达上调的lncRNA TCONS-72171和lncRNA TCONS-62349可能在LPS诱导的奶牛乳腺上皮细胞炎症中发挥重要的调控作用,该结果可为深入研究奶牛乳腺炎分子调节机制奠定基础。
【关键词】奶牛 lncRNA 乳腺炎 乳腺上皮细胞 生物信息学分析
【基金】国家自然科学基金项目(32060749);; 国家现代农业产业技术体系资助(CARS-36);; 宁夏自然科学基金项目(2023AAC03049)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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