拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息学分析
2023-09-22分类号:Q943.2
【部门】昆明学院农学与生命科学学院 云南农业大学植物保护学院 西南林业大学生物多样性保护学院/云南省高校森林灾害预警控制重点实验室 曲靖师范学院生物资源与食品工程学院
【摘要】【目的】研究拟南芥C2H2型转录因子AtIDD5结构和功能的生物信息,分析其理化性质、组织表达模式、亚细胞定位、蛋白互作网络和启动子顺式作用元件,预测AtIDD5同源蛋白、参与响应元件以及AtIDD5调控与被调控基因,为进一步研究AtIDD5蛋白在植株生长发育中的作用机制提供线索。【方法】利用Uniprot、TMHMM2.0、MEGA7.0、STRING等软件对AtIDD5蛋白进行理性化性质推断、AtIDD5基因在植物组织中的表达模式预测、AtIDD5蛋白进行亚细胞定位分析、蛋白互相作用网络构建以及AtIDD5基因启动子顺式作用元件分析。【结果】AtIDD5基因的编码区(Coding sequence,CDS)全长1809 bp,编码602个氨基酸,其中丝氨酸占比最高,为17.5%。根据所含元素的数量推算其分子式为C_(1475)H_(2273)N_(469)O_(528)S_(12),不稳定指数为56.63,属于不稳定蛋白。AtIDD5蛋白含有4个锌指结构,属于典型的C2H2型转录因子。构建AtIDD5同源蛋白序列系统发育树,其中氨基酸序列相似度大于60%的其他物种有6个,分别是亚麻芥(Camelina sativa)、盐芥(Eutrema salsugineum)、白芥(Sinapis alba)、油菜(Brassica napus)、萝卜(Raphanus sativus)、芝麻菜(Eruca vesicaria subsp)。基因表达模式预测AtIDD5基因在茎、叶、花、角果、花中均有表达,在叶片中的表达量最高;亚细胞定位预测AtIDD5蛋白位于细胞核与叶绿体中。蛋白互作网络预测了与AtIDD5互作的蛋白有20个,直接结合的有10个。AtIDD5蛋白通过与多种蛋白的互作广泛参与了植物生长发育基因表达的调控过程。AtIDD5基因启动子包含有大量的核心顺式元件、光响应元件和激素响应元件。【结论】推测AtIDD5基因本身的表达受到光和激素等因子的调控;预测AtIDD5基因在植株生长发育、激素调节和逆境胁迫中发挥着重要作用。
【关键词】AtIDD5 生物信息学 亚细胞定位 表达模式 互作蛋白 启动子分析
【基金】国家自然科学基金项目(31760078);; 云南省教育厅研究生项目(2022Y700,2023Y0862);; 昆明学院人才引进项目(YJL18002)
【所属期刊栏目】西南农业学报
文献传递