【摘要】随着高校专业数量的快速增长，高校内部管理的难度与日俱增。为了促进我国高等教育的发展，培养创新人才，出现了部门制等全新的组织形式。部门制的发展可以整合高校各领域的资源，为新战略的发展做出贡献。另一方面，需要通过院系制度进一步完善高校的科研活动。当前，我国教育体系建设仍处于发展状态，面临一些问题和挑战。研究部门制度建设遇到的问题和步骤，无疑具有重大的现实意义。文章介绍了高校内部控制面临的挑战以及相关应对措施。