【摘要】鹅绒藤（Cynanchum chinense）是一种传统中药，为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因，本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原，并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明，鹅绒藤样品经小RNA深度测序技术共获得15 039 334个原始序列，将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释，结果显示为苜蓿花叶病毒（AMV）和黄瓜花叶病毒（CMV）。利用特异引物克隆了AMV和CMV的外壳蛋白（CP）和移动蛋白（MP）基因全序列，分别命名为AMV-BR和CMV-BR。通过序列比对分析，发现AMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn（MH332899）、Dich-rep（MW835989）和VIC-320（MF075254）的相似性均达到100%；MP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn（MH332899）的相似性最高，均为99.3％。CMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠA中CMV分离物YA17（MH119159）的相似性最高，分别为100％和99.1％；MP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组Ⅰ分离物PV-0185（ON013887）的相似性最高，分别为98.2％和96.4％。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明，CMV-BR属于CMV亚组Ⅰ中的成员。这是首次在山西鹅绒藤上检测到AMV和CMV，该研究有助于深入了解AMV、CMV的分子进化，也为鹅绒藤病毒病的防治提供一定的理论依据。