禾谷炭疽菌中糖苷水解酶互作蛋白找寻及遗传关系预测分析
2023-09-25分类号:S432.4
【部门】西南林业大学生物多样性保护学院 云南省森林灾害预警与控制重点实验室
【摘要】糖苷水解酶(GH)作为植物病原菌侵染、破坏植物细胞壁的重要酶类,在其致病过程中发挥着重要作用。为了解禾谷炭疽菌GH蛋白之间的互作机制,本研究基于前期所获的禾谷炭疽菌GH蛋白,通过STRING网络在线分析不同GH蛋白之间的互作关系,利用ProtComp v 9.0在线分析GH蛋白的亚细胞定位,通过ClustalX和MEGA 11软件对GH蛋白进行多重比对和构建系统进化树,,并选取互作关系多的蛋白通过GRAMM在线软件进行分子对接。结果显示,禾谷炭疽菌中89个GH蛋白之间的互作表现为三大类的聚集关系,其中,I类聚集了34个GH蛋白,II类聚集了33个GH蛋白,III类聚集了22个GH蛋白。这些GH蛋白之间有3种互作情况,即不同亚类GH蛋白之间的互作、同一亚类中不同GH蛋白之间的互作以及不存在互作关系;85个GH蛋白定位于细胞外(分泌),仅4个GH蛋白定位于细胞核、内质网、细胞质膜。系统发育树分为四大类,有一些GH亚家族蛋白只存在于一类中,也有一些GH亚家族蛋白同时存在于两类及两类以上中;分子对接发现,互作蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸残基位点,蛋白之间可通过氢键相互作用。
【关键词】禾谷炭疽菌 糖苷水解酶 蛋白互作 协同作用
【基金】云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项(YNWR-QNBJ-2020-188);; 国家自然科学基金项目(31960314);; 云南省研究生导师团队建设项目“森林病理学硕士生导师团队”(2022100)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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