【摘要】从菠萝蜜叶绿体基因组中筛选出51条蛋白编码序列，并使用CodonW和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性及其影响因素进行了探究。结果表明，菠萝蜜叶绿体基因组中的密码子各碱基的GC含量从首位到末位呈递减趋势，偏好以A/U结尾。有效密码子数在[35.64, 53.19]区间内，且68.63%的基因有效密码子数大于45,表明密码子偏好性较弱。相关性分析显示，密码子的偏好性与碱基第3位的组成和基因长度有关，而碱基第1位的GC含量则影响基因的表达水平。菠萝蜜叶绿体基因组密码子的中性绘图、奇偶偏好性以及有效密码子绘图分析结果显示，内部突变和自然选择都会影响密码子的使用模式。最优密码子分析结果显示，有16个密码子满足筛选条件，进一步验证了密码子偏好以A/U结尾。对各基因的有效密码子相对使用度进行聚类分析的结果显示，基因的偏好与基因功能之间的进化模式相互独立。