【摘要】月季、蔷薇和玫瑰是隶属于蔷薇科蔷薇属的姊妹树种，由于长时间的杂交和人工栽培，三者的形态很难区分，急需开发一套分子标记对三者进行鉴定。据此，本研究获取了月季、蔷薇和玫瑰的叶绿体基因组序列，对其基因组序列的特点、简单重复序列(SSR)分子标记、核苷酸多态性及月季、蔷薇和玫瑰在蔷薇属内的系统发育关系进行了分析。结果表明：月季、蔷薇和玫瑰的叶绿体基因组全长分别为156 591、156 592、157 110 bp,均具有非常典型的四分体结构；月季、蔷薇和玫瑰叶绿体基因组分别含有131、137、136个基因，总GC含量均为37.00%;月季、蔷薇和玫瑰叶绿体基因组的结构高度相似，共线性关系良好，蛋白编码区域保守度与相似度最高；在月季、蔷薇和玫瑰的叶绿体基因组中分别鉴定出57、59、46个SSR,且绝大多数是单核苷酸重复序列；以筛选到的matK基因作为分子标记构建的系统发育树显示，蔷薇科蔷薇属植物聚为一个单系类群，可以区分月季、蔷薇和玫瑰，且月季与蔷薇的亲缘关系最近。本研究结果可为后续蔷薇属植物的遗传多样性、遗传结构及系统发育研究提供参考。