意大利蜜蜂Hippo信号通路相关基因及其全长转录本的鉴定与分析
2023-10-25分类号:S891
【部门】福建农林大学动物科学学院(蜂学学院) 福建省蜂疗研究所
【摘要】采用Blast工具将已鉴定到的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)全长转录本比对Nr数据库,共鉴定到意蜂Hippo信号通路中相关的49个基因及其550条全长转录本。运用Gffcompare软件将鉴定到的Hippo信号通路相关全长转录本与西方蜜蜂参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较,分别延长西方蜜蜂参考基因组注释到Hippo信号通路的9个基因的5'UTR和7个基因的3'UTR。通过Astalavista软件鉴定到Hippo信号通路相关的4个基因的7次可变剪切(AS)事件,包括2次外显子跳跃、2次内含子保留和3次可变5'端剪接。通过PCR验证了1个基因的AS事件真实性。利用TAPISpipeline鉴定到意蜂Hippo信号通路相关的24个基因含有1个及以上可变多聚腺苷酸化(APA)位点,其中含有1个APA位点的基因数量最多。通过TBtool软件鉴定APA位点上游motif的一致性序列HVNCCNBNDYVDVVHVNDBVDYCNBBDNNNHNNVNNVMNN。
【关键词】西方蜜蜂 意大利蜜蜂 Hippo信号通路相关基因 全长转录本
【基金】国家自然科学基金面上项目(32172792);; 国家现代农业产业技术体系专项资金项目(CARS–44–KXJ7);; 福建省自然科学基金面上项目(2022J01131334);; 福建农林大学科技创新专项基金项目(KFb22060XA)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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