【摘要】【目的】探究感病羊肚菌[Morchella esculenta (L.) Pers.]内生细菌的多样性、丰度及菌群功能。【方法】以健株羊肚菌为对照，提取感病程度为轻度、中度、重度及完全感病的羊肚菌内生细菌基因组总DNA，进行Illumina Miseq高通量测序，并对测序获得的内生细菌ASVs（Amplicon Sequence Variants）进行生物信息学分析，探究羊肚菌子实体感病过程中内生细菌的群落结构及其多样性。【结果】羊肚菌子实体内生细菌菌群丰度指数为：中度感病组>完全感病组>轻度感病组>重度感病组>健康组；多样性指数为：中度感病组>健康组>轻度感病组>重度感病组>完全感病组；均匀度指数为：健康组>重度感病组>轻度感病组>完全感病组>中度感病组。健株羊肚菌子实体内生细菌主要归类于变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），其中假单胞菌属（Pseudomonas）和黄杆菌属（Flavobacterium）为健株羊肚菌内生细菌中的优势属，分别占健株羊肚菌子实体内生细菌总数的46.92%和41.07%。感病羊肚菌子实体中假单胞菌属相对丰度随感病程度增加呈上升趋势，至重度时超过95%，而黄杆菌属相对丰度呈下降趋势，至重度时低于3%。此外，所有感病子实体中均有厚壁菌门（Firmicutes）的内生菌。【结论】对羊肚菌子实体内菌群的平衡调控，如对假单胞菌属内生细菌的抑制及黄杆菌属内生细菌的促生，可能有助于降低羊肚菌大面积病害和减产，保障羊肚菌稳产。