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贵定鸟王茶的叶绿体基因组特征

2023-09-22分类号:S571.1

【作者】赵许朋   崔奎   耿苗苗   赵晓朋   刘声传   刘燕
【部门】贵阳学院  
【摘要】【目的】解析贵定鸟王茶的叶绿体全基因组序列,为其系统发育进化关系研究提供依据。【方法】以3份贵定鸟王茶为试验材料,采用高通量测序技术通过对贵定鸟王茶叶绿体全基因组进行测序、组装和注释,并与来源于NCBI网站的信阳10号、凤凰单枞柚花香(Camellia sinensis cultivar Youhuaxiang)及半天腰(Camellia sinensis cultivar Bantianyao)等23种山茶属近缘植物的叶绿体基因组序列进行系统发育分析,研究贵定鸟王茶叶绿体的基因组特征。【结果】贵定鸟王茶叶绿体基因组全长15 7071 bp,GC和AT含量分别为37.29%和62.71%,为典型四区域结构;共注释光合作用和自我复制等相关基因138个,包括atpA、atpB和atpE等89个蛋白编码基因,rrn5、 rrn4.5和 rrn23等8个rRNA基因,以及trnA-FME,trnC-GCA和trnD-GUC等41个tRNA基因;密码子使用分析表明,编码亮氨酸密码子数量最多,编码半胱氨酸密码子数量最少,并且该物种叶绿体编码基因偏好以A/U(T)结尾;SSR分析表明,贵定鸟王茶SSR较丰富,为其SSR引物开发及系统发育研究奠定基础;IR区边界的收缩与扩张分析表明,贵定鸟王茶四个IR边界区JLB、JSB、JSA、JLA与信阳10号完全一致,无收缩与扩张现象,而与其他7个品种(凤凰单枞、黔茶1号、半天腰、白鸡冠、白叶1号、德宏茶和龙井)相比,均有不同程度的扩张与收缩;系统发育分析表明,贵定鸟王茶与茶亲缘关系较近,其中与信阳10号的亲缘关系最近。【结论】本研究阐明了贵定鸟王茶叶绿体基因结构以及与其他茶树进化关系,为该物种遗传多样性、种群历史动态及系统发育与亲缘关系研究奠定基础。
【关键词】贵定鸟王茶  叶绿体基因组  简单重复序列  系统发育分析
【基金】贵州省教育厅重点领域项目“基于茶树适宜性评价指标的贵州生态茶园建设研究”[黔教合KY字(2020)047];; 贵州省教育厅高等学校科学研究项目(青年项目)“越南槐苦参碱合成途径LDC和CAO克隆及高效转化苦参体系研究”[黔教技2022(297)号];; 贵州省大学生创新创业训练项目“基于茶树叶绿体序列的DNA条形码筛选及应用研究”(S202010976036);; 贵州省大学生创新创业训练重点项目“生物炭对茶园酸化土壤酸度改良研究”(20195200343);; 贵州省大学生创新创业训练一般项目“有机肥对特早生种茶树品种“乌牛早”生长特性研究”(2018520843)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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