【摘要】【目的】研究耕作深度对植烟土壤理化性质、土壤相关酶活性以及氨氧化功能菌群的影响，探明耕作措施和土壤环境因子对土壤氨氧化过程的影响。【方法】采用随机区组试验设计，在云南保山设置不同耕作深度，即耕深10 cm （CK）、耕深20 cm（S1）和耕深30 cm（S2），探究不同的耕作深度对不同土层植烟土壤理化性质、土壤酶活性以及氨氧化微生物的影响。【结果】在0～20 cm土层，与CK相比，S1和S2处理的土壤容重均显著下降，降幅为5.87%、5.10%；在0～20 cm和20～40 cm土层，与CK相比，S2处理土壤有机质、硝态氮、速效钾含量均显著增加，增幅分别为10.68%和11.45%、103.26%和159.74%、90.59%和103.52%；在0～20 cm土层，与CK相比，S1、S2处理土壤硝态氮均显著增加，增幅分别为106.42%、103.26%；在20～40 cm土层，与CK相比，S2处理铵态氮显著增加，增幅为28.19%；与CK相比，S2处理土壤微生物生物量碳、脲酶酶活性均显著降低，降幅分别为27.77%、36.84%；不同耕深处理下菌群组成相同，各菌群所占比例差异不显著，S2处理下AOB菌群中的变形菌门（Proteobacteria）丰度升高；不同耕深处理改变了氨氧化微生物AOA、AOB群落丰度，其中NH_(4)~(+)是对AOA群落结构影响最大的环境因子，有机质是对AOB群落结构影响最大的环境因子。【结论】深耕有利于改善土壤物理结构，提高土壤养分含量，改变AOA和AOB群落结构。