【摘要】【目的】探明调控薄荷表皮毛发育的候选基因，为深入研究薄荷表皮毛发育、地方种质资源的保护与开发利用和新品种选育提供参考。【方法】以本地具少量表皮毛薄荷及突变的具大量表皮毛薄荷为研究材料，采用转录组测序、组装和注释等方法筛选影响薄荷表皮毛发育的候选基因并进行克隆、生物信息及表达分析研究。【结果】从多毛和少毛薄荷中分别获得39 853条和30 249条Unigene基因，N50长度分别为1 380 bp和1 434 bp，序列平均长度分别为789.44 bp和779.03 bp。克隆测序发现，多毛薄荷转录因子MhGL3序列在920 bp位置缺少碱基A，导致其转录因子MhGL3序列长度延伸至1 848 bp，获得HLH保守功能区域，从而调控薄荷表皮毛发育。【结论】转录因子MhGL3突变是导致薄荷表皮毛发育的重要因素。