【摘要】【目的】探明不同种植年限头花蓼土壤微生物（细菌和真菌）群落组成及物种多样性的变化趋势，从土壤微生物的角度探究其连作障碍机制，为贵州头花蓼产业的可持续发展提供理论依据。【方法】采用Illumina测序技术，以头花蓼与玉米轮作地块土壤为对照（CK），通过对头花蓼连续种植2年（T_(2)）、3年（T_(3)）和4年（T_(4)）地块土壤微生物进行测序分析，研究种植年限对头花蓼土壤微生物群落的影响。【结果】随连作年限增加，细菌群落丰度呈上升趋势，丰度从1 620.30升至1 787.22，物种多样性逐渐趋于平稳；真菌群落丰度呈下降趋势，丰度从635.00降至612.89，物种多样性变化不大。细菌群落：门水平下，变形菌门与酸杆菌门为优势菌群，相对丰度总占比＞64%；变形菌门相对丰度显著降低（从40.80%降至34.80%），酸杆菌门显著增加（从24.20%升至29.10%）；变形菌门（40.80%、40.20%、37.60%和34.80%）、浮霉菌门（1.50%、1.50%、2.60%和2.50%）在不同连作年限间相对丰度存在显著差异；属水平下，uncultured＿bacterium＿c＿Subgroup＿6所占比例最大，为10.66%～20.50%。真菌群落：门水平下，子囊菌门和担子菌门为优势菌群，其相对丰度总占比＞61%，较CK逐年下降；被孢霉门和壶菌门在连作第4年（T_(4)）几乎完全消失。属水平下，被孢霉属占比最大，为2.66%～14.30%，在连作第3年（T_(3)）出现多孢囊霉属真菌。【结论】连作加大了头花蓼土壤中微生物群落差异。随着连续种植年限增加，变形菌门细菌、被孢霉门被孢霉属真菌等相对丰度逐渐降低，酸杆菌门细菌、子囊菌门镰刀菌属真菌等相对丰度逐渐增加，可能是头花蓼连作障碍发生的原因之一。