【摘要】【目的】探究西藏不同产地湿生扁蕾根际土壤微生物群落组成特征，揭示根际土壤核心微生物菌群与根际土壤微生物群落的相互作用，以及影响微生物群落组成的环境因素。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术和生物信息学方法对西藏林芝市巴宜区（BY）、察隅县（CY）和工布江达县（GB）湿生扁蕾根际土壤微生物群落组成，及其与土壤理化因子间的相关性进行分析。【结果】湿生扁蕾根际土壤共获得4738个细菌OTUs和3600个真菌OTUs，BY样品根际土壤细菌和真菌丰富度指数最高，CY样品根际土壤细菌和真菌多样性指数最高；不同产地湿生扁蕾根际土壤细菌和真菌群落结构组成存在差异；根际土壤核心细菌菌群有322个属，核心真菌菌群有175个属；根际土壤细菌和真菌互作网络均具有模块化结构且以协同作用为主，核心微生物菌群相对分散，变形菌门、放线菌门、子囊菌门和担子菌门是根际土壤微生物的关键类群；相关性分析表明，核心微生物菌群的改变与土壤理化因子间存在不同程度的相关性；pH、总钾、总磷、总氮、速效钾和速效氮含量与根际土壤微生物群落结构组成显著正相关，总钾、总磷和总氮是影响根际土壤微生物α多样性的关键因子。【结论】不同产地湿生扁蕾根际土壤细菌和真菌群落组成及多样性存在一定的差异，根际土壤微生物菌群的改变与土壤理化因子间存在不同程度的相关性。本研究为湿生扁蕾人工种植及益生微生物菌群的筛选提供了理论依据。