【摘要】【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性，筛选出旱冬瓜核心种质的适宜构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材，设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例，采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐步取样法取样，采用4个遗传多样性指数分析种质子集对原种质的代表性，通过均值t检验和方差F检验分析种质子集与原种质集变异是否同质，利用相关系数分析种质子集与原种质集的相关性，通过遗传距离比较和聚类分析确认核心种质。【结果】25%抽样比例构建的种质子集的多态位点数、多态位点百分率、观测等位基因数和等位基因保留率与原种质集一致，其余4个评价指数皆显著大于原种质集，均值和方差与原种质的相关系数均接近或者等于1，平均遗传距离较原种质提高了16.82%，因此认为在25%抽样比例构建的种质子集能很好的代表原种质。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等，认为25%抽样比例构建的旱冬瓜核心种质能充分代表原种质的遗传多样性。