【摘要】以农业农村部直属的Y研究所某公益类科研项目作为研究案例，探讨目前公益类项目预算绩效管理中存在的预算编制不科学、绩效指标设置不合理、预算执行与目标监控效果甚微、绩效评价不够客观等四大突出问题，并针对预算绩效管理实施流程提出优化方案，并运用层次分析法（AHP）对绩效指标分值权重进行重新分配，结果表明，具有公益性质类型的项目在绩效评价时应重点关注社会效益、可持续发展、民众满意度等方面。