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鸡肌肉发育相关miR-133a-5p分析和关键靶基因筛选

2023-07-03分类号:S831.2

【作者】贾富民  贾羽晴  夏晶晶  税斐  曹程程  张泰康  丁元飞  郭立平  耿照玉  金四华  
【部门】安徽农业大学动物科技学院  
【摘要】为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因,并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络,寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析,比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量;再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制,将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集,筛选关键靶基因。最后,通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明:1)共获得157个靶基因;2)GO富集分析显示,靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程;KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路,也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路;3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块,涉及17个基因;4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后,筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因;5)在GSE93855的表达谱中,PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低,而RNA22 v2评估结果显示,仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上,miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育,其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。
【关键词】鸡  肌肉  miR-133a-5p  生物信息学
【基金】国家自然科学基金项目(31802028);; 安徽省教育厅高校自然科学研究重点项目(2022AH050928);; 高校优秀青年人才支持重点项目(gxyqZD2022017);; 2022年教育部产学研合作协同育人项目(221000488095409);; 安徽省重点研究与开发计划项目(202004a06020049)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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