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新疆部分地区环形泰勒虫Tams1基因型及遗传多样性分析

2023-07-03分类号:S852.7

【作者】葛晓敏  温丽翠  缪荣浩  李才善  刘凯强  陈宋琴  郑会珍  巴音查汗  郭庆勇  
【部门】新疆农业大学动物医学学院  
【摘要】为了对新疆部分地区环形泰勒虫Tams1基因型及遗传多样性进行分析,本研究对新疆托克逊、艾丁湖、青河和伊吾地区奶牛血液DNA进行检测,采用PCR方法对Tams1基因扩增、克隆和测序,并进行序列比对。通过MEGA、DNAsp、NetNGlyc等软件及在线软件分析Tams1基因及其蛋白序列。结果显示:1)新疆地区23条环形泰勒虫序列除伊吾地区2号样品序列被归为G3型,其余均属于G1型;此外,新疆地区Tams1基因序列在核苷酸与氨基酸水平上分别具有90.1%~100%和83.9%~100%的相似性。2)Tams1序列在核苷酸的168~217和479~528位置之间可检测到广泛序列变异。通过Hd=0.994±0.006、π=0.071±0.002、S=178、h=38及k=52.32均显示Tams1序列较高的遗传多样性;中性指数结果显示当地环形泰勒虫Tams1基因单倍型数大于多态位点个数,遗传多样性呈平衡选择。3)Tams1蛋白的N末端显示出较大的序列变异性,在3个区域(氨基酸位置27~52、138~175和180~196)存在广泛变异。经B细胞抗原表位预测及3D结构同源建模,发现Tams1蛋白抗原位点多位于表面,其抗原性较好。综上,本研究发现本次备选采样点的环形泰勒虫具有较高的遗传多样性,该数据可为后续环形泰勒虫基因型和种群结构变化、不同致病特性及逃避宿主免疫机制等研究提供参考。
【关键词】环形泰勒虫  Tams1  基因分型  遗传多样性
【基金】新疆自治区高校科研计划自然科学项目(XJEDU20201008);; 新疆自治区区域协同创新专项-上海合作组织科技伙伴计划及国际科技合作计划项目(2021E01001)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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