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中国荷斯坦奶牛乳脂中miR-2285f生物信息学分析及靶基因验证

2023-07-03分类号:S823.2

【作者】张迪  刘佳敏  禹保军  李德生  顾亚玲  温万  张娟  
【部门】宁夏大学农学院  宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室  宁夏畜牧工作站  
【摘要】旨为探索bta-miR-2285f和宿主基因TANK结合激酶1(TANK binding kinase 1,TBK1)的生物学功能,以及bta-miR-2285f与靶基因互作调节奶牛乳脂代谢的潜在机制,本研究通过生物信息学方法分析bta-miR-2285f在不同物种间的保守性,并通过上游序列CPG岛分析、启动子预测、进一步进行组织表达谱分析,预测靶基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用双荧光素酶报告试验验证bta-miR-2285f调控的下游靶基因钙结合蛋白39(Calcium binding protein 39,CAB39),并在乳腺上皮细胞水平探究bta-miR-2285f的功能作用。结果表明:1)bta-miR-2285f是牛特异性miRNA,属于内含子miRNA;2)bta-miR-2285f与宿主基因TBK1上游序列2 kb处均不含有CPG岛。bta-miR-2285f在上游586 bp处为转录起始位点。宿主基因TBK1在上游105 bp处为转录起始位点;3)TargetScan和miRWalk预测miR-2285f有172个交集靶基因,主要参与新陈代谢、遗传信息传递、信号分析和细胞的相互作用,并且显著富集到mTOR信号通路、PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路、Hippo信号通路以及甘油酯代谢等乳脂代谢相关的信号通路并在STRING数据库中构建bta-miR-2285f靶基因之间的互作网络图;4)bta-miR-2285f在奶牛乳腺组织中的表达水平最高,与其他组织存在显著差异(P
【关键词】中国荷斯坦奶牛  miR-2285f  生物信息学  miRNA-mRNA互作  乳脂
【基金】宁夏自治区育种专项优质高产奶牛选育资助项目(2019NYYZ05);; 宁夏回族自治区重点研发项目(2022BBF02017)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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