【摘要】在“双一流”建设背景下，研究以财政自主度为代表的中央与地方财政分权对高等教育资源配置效率的影响有重要现实意义。根据财政分权理论与新预算法的要求，将中央对地方转移支付中的非限定用途部分纳入地方可自主支配财力，设计新型的精细化财政自主度指标。使用三阶段DEA-Tobit模型和基尼系数及其子群分解方法，测评我国内地31个省（自治区、直辖市）201 6—2020年高等教育资源配置效率与东中西部差异，探究财政自主度对高等教育资源配置效率的影响。研究发现，我国高等教育资源配置效率呈波动上升趋势，且存在区域不均衡问题；财政自主度与高等教育资源配置效率正相关，提升西部地区财政自主度最有利于提升高等教育资源配置效率；财政自主度是显性因素中促进高等教育资源配置效率提升的最重要因素。据此提出了增加一般性转移支付中的非限定性转移支付的比重、优化高校财政资金投入机制、推进产学研相结合、形成地区特色产业链等建议，以推动“双一流”建设，全面提高高等教育办学水平。