【摘要】福建东吾洋海域是我国刺参(Apostichopus japonicus)吊笼养殖的核心产区，但目前该地区的水域环境现状和环境菌群结构相关研究匮乏。本研究以东吾洋海域东安、马坑、雷江和沙湾4个主要养殖区域为研究对象，完成了海参养殖高峰期1月的水质环境因子调查和评价分析，进一步采用高通量测序方法完成了水体和沉积物菌群多样性和差异特征菌群分析，解析了环境因子与菌群结构相关性。结果表明，马坑海域的富营养化指数为21.60，属于严重富营养化；东安和雷江属于重度富营养，只有沙湾海域处于中度富营养的水平。东安和沙湾水质属于轻度有机污染，而马坑和雷江属于中度有机污染。高通量测序共获得1 520个OTUs，归属于28门、57纲、163目、322科、581属。菌群结构多样性分析表明，各区域沉积物的菌群多样性水平均显著高于相应海域水体菌群多样性，且具有较强的空间异质性。沙湾海域环境菌群多样性与丰度最高，PcoA分析表明，沉积物和水体中细菌群落结构差异极显著，水体的交换和海域位置对其水体和沉积物菌群结构的影响较大。具有潜在致病性的弧菌科(Vibrionaceae)在所有水体和沉积物样本中均为优势种类之一。对水体样品和沉积物样品的LefSe分析筛选到处于不同分类水平的74个特异菌群。基因功能的预测和COG分类统计表明，水体与沉积物样品在12个代谢途径上存在显著差异(P<0.05)。对4个海区的水体菌群LefSe分析筛选到处于不同分类水平的30个特异菌群。水体的菌群与环境因子的RDA分析揭示，温度、溶氧、叶绿素a浓度是影响不同海域水体菌群结构的主要环境因子。相关研究将为福建刺参养殖管理提供基础数据和科学参考。