基于加权基因共表达网络分析挖掘茯苓抗食管癌作用靶点
2023-07-18分类号:R285
【部门】凯里学院大健康学院
【摘要】该研究利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨茯苓抗食管癌的潜在作用靶点,为食管癌的临床诊治开创新思路.首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出茯苓的有效活性成分及对应靶点,运用Cytoscape软件中鉴定候选药物作用靶点,接着在癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达谱差异(GEO)数据库中下载肿瘤相关基因表达数据集,通过WGCNA鉴定出与食管癌紧密相关的基因,并将鉴定出的基因与茯苓的候选药物作用靶点进行比对,确定茯苓抗食管癌的潜在作用靶点,最后采用RT-PCR的方法对筛选出核心基因在人食管癌细胞中的表达量进行检测.结果共获得34种茯苓有效活性成分,及17个对应靶点,主要候选药物作用靶点为:CHRM1、NCOA2、PGR、ADRA1B、ADH1B、PTGS2.其中ADH1B为茯苓抗食管癌的潜在作用靶点.筛选出DLGAP5、MCM2、CCNA2、CDK1、TPX2、TRIP13、KIF23、KIF2C、CENPF、CHAF1A等10个核心基因,其中CHAF1A和MCM2的表达水平对食管癌患者的预后具有影响.RT-PCR结果显示,CDK1、CHAF1A、TPIP13和MCM2基因经不同浓度的茯苓水煎液处理后,表达量与对照存在显著差异(p<0.05),表明CDK1、CHAF1ATPIP13和MCM2是茯苓水煎液治疗食管癌的主要作用靶点.
【关键词】加权基因共表达网络分析 差异表达 食管癌 茯苓 核心基因
【基金】贵州省科技厅社会发展项目(黔科合支撑[2018]2823);; 凯里学院做特市州高校专项计划项目([2022]10-28)
【所属期刊栏目】华中师范大学学报(自然科学版)
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