【摘要】随着我国市场在国际贸易中比重的迅速增长，自贸区知识产权保护现状越来越受到国际关注。贸易自由化的战略和自贸区宽松的监管给了不法分子可乘之机，使得自贸区更容易成为盗版、假冒等侵权行为的聚集地，主要表现在过境货物知识产权执法权限模糊，商标法视域下“平行进口”行为合法性认定仍不清晰和定牌加工侵权认定标准不明确这三方面。为了更好地对自贸区知识产权加以保护，本文重新对自贸区知识产权保护困境进行了审视，提出了自贸区完善知识产权保护问题的对策。