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15种蔷薇属matK基因的密码子偏好性分析

2023-07-06分类号:S685.12

【作者】黄长兵  沈萍  侯哲  
【部门】苏州农业职业技术学院  
【摘要】基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱,筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明:(1)GC_1、GC_2、GC_3的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高,第3位的GC含量最低,具有显著差异性;有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关;(2)GC_3与GC_(12)的相关性不显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;(3)matK基因的有效密码子数低于预期值,位于标准曲线的下方,说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响;(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中,有27个密码子均以A/U结尾,仅有2个密码子以G结尾,说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。
【关键词】matK基因  叶绿体基因组  密码子偏好性  选择与突变
【基金】江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(JBGS[2021]091);; 江苏省林业科技创新与推广项目(LYKJ[2021]02);; 中央财政林业改革发展资金项目(苏[2022]TG10);; 苏州市科技计划(农业科技创新)面上项目(SNG2022025);; 苏州农业职业技术学院博士提升计划科研启动基金项目(BS[2022]08);; 四川省自然科学基金项目(2022NSFSC1141)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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