【摘要】为探究橘小实蝇、瓜实蝇和南亚实蝇卵共生菌群落结构、多样性及其在不同种群间的差异，利用Illumina NovaSeq 6000测序技术分析3种实蝇不同种群卵共生菌的16S rDNA V3-V4高变区序列。结果表明，7个种群的实蝇卵共生菌序列共注释3 495个操作分类单元(OTUs),注释到界、门、纲、目、科和属水平的比例分别为96.08%、76.37%、74.48%、70.99%、61.09%和41.46%。放线菌门细菌主要在南亚实蝇卵中聚集，拟杆菌门细菌主要在橘小实蝇卵中聚集，而厚壁菌门和变形菌门细菌在3种实蝇卵中均有聚集。从3种实蝇实验室种群和橘小实蝇福州种群6～10代卵共生菌中筛选到相对丰度存在差异的细菌属为沙雷氏菌属、普罗威登斯菌属、漫游球菌属、Cosenzaea、米勒氏菌属、乳球菌属和肠球菌属，其中，沙雷氏菌属、普罗威登斯菌属、肠球菌属和乳球菌属为3种实蝇卵共生菌的优势属。此外，橘小实蝇安顺种群与橘小实蝇福州种群第10代、南亚实蝇安顺种群、南亚实蝇实验室种群的卵共生菌Simpson指数和Shannon指数差异显著。本研究可为3种实蝇引诱活性菌筛选及其功能研究提供参考。