【摘要】《政府会计制度——行政事业单位会计科目和报表》自2019年1月1日施行以来，经过3年多的实践执行，双核算体系——以权责发生制为基础的财务会计核算和以收付实现制为基础的预算会计核算对全面真实反映行政事业单位资金业务起到了积极作用。由于财务人员对双核算在职工薪酬中的应用理解不够深入，加之高校人员类型不一，职工薪酬发放又涉及社会保险费、公积金和个税，所以高校职工薪酬核算难点较多。针对这些难点，文章梳理了新会计制度下高校职工的工资核算流程，对社保的计提缴纳、社会保险费的补交和退回、生育津贴发放、年底个税缴纳这些高校职工薪酬会计核算难点问题进行探析。