【摘要】国家重点实验室建设的主要困境包括：主管部门合作不够紧密，建设规划需要统筹；财政投入相对不足，资金来源渠道较为单一；整体规模偏小，研究方向及特色需进一步明确；运行模式未形成联动体系，实验室之间缺乏互动与活力；布局优势未能有效凸显，学术生长点较为模糊；评估体系有待调整，评价指标亟需体现国家使命。国家重点实验室重组要坚持系统思维、统筹规划、协同发展、优势整合原则。具体应该加强国家重点实验室规划统筹，增强主管部门之间的协调合作；大力增加实验室财政投入，调整拨款机制与方式；找准实验室发展定位和特色，调整组织形式并加强国际合作；加强国家级实验室办公室建设，严格落实实验室主任负责制；依托大型项目，建设全球顶尖科研设施；科技部要主导评估过程，评估体系设计要体现国家使命。