【摘要】2019年1月1日起施行的《政府会计制度》对科研项目经费的核算做出了新的调整与规范，要求各事业单位通过预提费用计入“管理费用”进行核算。科研项目间接费用的本质是一种费用，将其计入预提费用可能会导致负债虚高、会计信息不准确等风险。《政府会计准则制度解释第2号》重点对一些特殊情况的会计处理方法进行了规定，实务操作过程中需要合理判断资金是否为财政资金。虽然上述相关会计政策对科研项目间接费用会计处理进行了较为详细的规定，但是实务处理过程中仍存在一些问题。因此，本文以高校作为研究对象，结合案例详细探讨科研项目间接费用会计处理方法及存在的问题，进而思考相应改进方法。