热应激对羊成肌细胞部分miRNAs的影响及其生物信息学分析与靶基因预测
2023-04-19分类号:S826.2
【部门】南京农业大学动物科技学院 太仓市农业农村科技服务中心
【摘要】[目的]本文旨在探究热应激对羊成肌细胞部分miRNAs的影响,对miR-23a、miR-24、miR-27a-3p和miR-30a-5p进行生物信息学分析与靶基因预测,揭示热应激下miRNAs影响骨骼肌发育的调控机制。[方法]通过RT-qPCR技术研究热应激对羊成肌细胞miRNAs表达量的影响;利用miRBase数据库获取不同物种中miR-23a、miR-24、miR-27a-3p和miR-30a-5p的前体序列和成熟序列,再利用MegaX软件构建系统进化树,进行相似性分析;再通过TargetScan、miRDB、RNA22、miRWalk对上述miRNAs进行靶基因预测,使用DAVID对预测出的共同靶基因进行GO功能与KEGG通路富集分析;最后进行miRNAs、共同靶基因与KEGG通路的关联分析。[结果]热应激显著下调羊成肌细胞在增殖阶段与分化阶段miRNAs的表达;miR-23a、miR-24、miR-27a和miR-30a在不同物种间的保守性较高,除了牛的miR-24以外,成熟序列基本相同,种子序列完全一致;预测出的共同靶基因主要富集在细胞增殖、分化、周期、凋亡、迁移等GO条目,以及mTOR、TGFβ、MAPK、Ras、ErbB、FoxO和PI3K-Akt等KEGG通路;此外,关联分析表明miR-24和miR-27a-3p可能靶向NLK与TAOK1参与MAPK与FoxO信号通路,来调控骨骼肌的发育。[结论]miR-23a、miR-24、miR-27a和miR-30a在不同物种中保守性较高,热应激下调羊成肌细胞部分miRNAs的表达,可能影响骨骼肌的发育。
【关键词】热应激 成肌细胞 miRNA 生物信息学 靶基因
【基金】国家自然科学基金(32172725);; 江苏现代农业产业技术体系建设专项资金(JATS[2022]145)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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