【摘要】研发加计扣除是政府激励企业创新的重要举措。通过手工搜集2500家中国上市公司数据，本文首次采用微观企业研发加计扣除数据大样本考察了研发加计扣除政策的实际运行效果。结果显示：（1）企业实际的研发加计扣除率为法定标准的67%，表明企业尚有33%的研发支出未被税务部门认定。（2）上述发现主要源于税法对研发支出的认定口径较窄。高素质税务人员对研发支出的严格审查也是原因之一。但税务部门“放管服”改革可以显著提高企业研发被税务部门认定的比例。此外，相较而言，国有企业的研发加计扣除程度要低6.3%；有研发操纵嫌疑的企业研发加计扣除程度要低3.3%；而高新技术企业的研发加计扣除程度要高18.9%。（3）虽然税务部门未认定企业的全部研发支出，但其认定部分对创新产出的激励效果是未认定部分的26倍，表明税务部门具备筛选高质量研发的能力。进一步，税务人员素质越高，这一能力越强，且“放管服”改革在增加企业享受税收优惠力度的同时并未损害这一能力。不过，企业的研发操纵行为使得税务部门认定的研发支出质量下降，进而弱化了税务部门的这一能力。在中国着力推动以创新支撑经济高质量发展的战略背景下，结论具有重要的理论贡献与政策启示。