【摘要】高校作为国家科技进步和创新的重要力量，财政系统对高校科研经费的投入不断增加，但是目前针对高校科研经费绩效审计的工作体系尚未形成，如何进行绩效审计成为当前亟须解决的工作。文章以5E评价内容为核心，结合逻辑模型，从经济性、效率性、效果性、环境性和公平性五个方面构建科研经费绩效审计评价体系，利用层次分析法和德尔菲法确定各项指标权重。利用构建的绩效审计评价体系，对农业类院校G高校科研经费的管理和使用情况进行绩效审计评价，发现其存在的问题并提出可行性的建议和对策。通过绩效审计评价体系的构建与应用，期望能够对高校科研经费绩效审计工作起到一定的借鉴作用。