【摘要】【目的】调查分析重庆、四川两地引起塔罗科血橙新系炭疽病的病原及其遗传结构，以探索更精准高效的炭疽病防控方法，减少柑橘生产的经济损失。【方法】通过病菌形态学鉴定，以及PCR扩增ITS和GDPH基因序列分析，对我国四川和重庆两个主产区的塔罗科血橙新系进行了炭疽病病原鉴定及其遗传多样性分析。【结果】1）从四川、重庆采集的50份塔罗科血橙新系叶片、枝条和果实炭疽病菌疑似样品中总共分离到41个胶孢炭疽菌（Colletotrichum gloeosporioides）菌株。2）依据培养特征、分生孢子形态和致病力差异，将病菌分为Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型共4个类型，不同类型菌株的占比分别为73.17%、17.07%、4.88%和4.88%。Ⅱ型和Ⅲ型菌株接种塔罗科血橙新系果实后的发病率达到100%，而Ⅰ型和Ⅳ型菌株接种塔罗科血橙新系果实后的发病率均为88.9%。其中，Ⅱ型平均病斑直径最大，为1.7 cm，而Ⅳ型菌株平均病斑直径最小，仅为0.6 cm，4个类型菌株接种塔罗科血橙新系果实后形成的平均病斑直径差异达到显著水平（P<0.05），而不同菌株致病性的差异与菌株地理来源、分离部位无明显相关性。3）遗传多样性分析显示，以ITS为靶标无法有效揭示柑橘胶孢炭疽菌的遗传变异，而以GDPH为靶标则可将柑橘胶孢炭疽菌分为4个类群，其聚类结果与形态学分类结果及致病性测定结果一致。柑橘胶孢炭疽菌的遗传进化与地理来源、分离部位均没有明显相关性。【结论】明确了采集的川渝两地塔罗科血橙新系炭疽病病原菌为胶孢炭疽菌，不同类型的塔罗科血橙新系炭疽病菌菌株的形态特点和致病力存在差异，并且菌株存在遗传变异，为川渝两地塔罗科血橙新系炭疽病绿色高效防控和抗病品种选育提供一定的理论基础。