标题
  • 标题
  • 作者
  • 关键词

新暗色柱节孢H1全基因组测序和注释

2023-06-09分类号:S436.67

【作者】赵晓珍  齐勇  王红林  马玉华  郑乾明  
【部门】贵州省农业科学院果树科学研究所  
【摘要】【目的】测序并组装火龙果溃疡病病原菌新暗色柱节孢(Neoscytalidium dimidiatum)H1的基因组序列,为了解其基因组构成、遗传变异、致病机理和防控策略奠定基础。【方法】提取贵州火龙果溃疡病病原菌N. dimidiatum H1的基因组DNA,利用Illumina NovaSeq和Nanopore PromethION测序平台进行基因组测序、组装和注释分析。【结果】通过测序和组装获得N. dimidiatum H1的基因组规模为43.78 Mb,Gap数量为0;组装获得14个contig,N50长度为3.92 Mb,平均长度为3.13 Mb,最长长度为5.63 Mb。使用真核和真菌直系同源基因集进行BUSCO 评估,完整的单拷贝基因比例分别为98.60%和98.50%。N. dimidiatum H1基因组含有12 962个编码基因,205个非编码RNA。N. dimidiatum H1基因组中重复序列含量1.62%,简单重复为主要类型。转座子含量为1.59%,以LTR类Gypsy亚族和LINE类为主要类型。共计12 703个(98.00%)编码基因被注释,与同属于葡萄座腔菌科(Botryosphaeriaceae)的Macrophomina phaseolina MS6和Neofusicoccum parvum UCR-NP2具有较高的同源性。【结论】本研究利用Nanopore 和Illumina测序策略获得高质量N. dimidiatum基因组序列,为进一步研究其致病机理和防控策略奠定理论基础。
【关键词】新暗色柱节孢  火龙果溃疡病  全基因组  编码基因  功能注释
【基金】贵州省第六批人才基地建设项目“贵州省精品水果产业人才基地”[RCJD2018-16];; 贵州省科技计划项目“贵州省精品水果创新能力建设(技术股+现金股改革试点项目)”[黔科合服企(2019)4002];; “贵州山地特色果树种质资源库创新能力建设”[黔科合服企(2021)8]
【所属期刊栏目】西南农业学报
文献传递