【摘要】【目的】探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征。【方法】对川党参叶片进行转录组测序，通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点，并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释。采用Primer 3.0设计EST-SSR引物，基于不同产地的川党参种质DNA模板，验证EST-SSR引物的扩增稳定性。【结果】从川党参转录组序列中共鉴定124 179个Unigene,其中26 084个Unigene序列包含35 827个SSR位点，SSR发生频率为21.01%。这些SSR位点共有165种SSR重复基元类型，从重复基元分布比例来看，单核苷酸重复基元A/T占SSR位点总数比例最高，为37.59%;从核苷酸重复基元平均距离来看，五核苷酸平均距离最大，为1288.54 kb;从基元重复次数比例来看，重复10次的最多，有7722个，占SSR总数的21.55%。川党参转录组SSR序列长度集中在12～19 bp,共19 628个，频率为54.79%, SSR长度在20 bp以上的潜在多态性位点有6933个，占总数的19.35%。筛选出27对扩增稳定的SSR引物，对川党参基因组DNA进行扩增，扩增片段大小范围为124～393 bp。基于不同产地川党参种质资源的基因组DNA模板，筛选了部分多态性标记，扩增条带清晰，多态性较好。此外对26 084个含有SSR序列的Unigenes进行Go和KEGG注释，这些Unigenes极显著富集于转录调控、DNA结合、催化、信号转导等生物过程。【结论】川党参转录组SSR序列具有较高的潜能多态性，挖掘的潜能SSR标记将为川党参遗传多样性分析、种质鉴定、辅助育种等提供研究基础。