【摘要】【目的】附球菌（Epicoccum）引起的叶斑病在多花黑麦草上普遍发生，本文研究西南不同地理来源附球菌菌株的遗传差异性和亲缘关系。【方法】以贵州花溪、重庆南川和合川、云南曲靖、四川崇州5个地区获得的37株代表性Epicoccum菌株为材料，利用真菌基因组DNA提取试剂盒提取供试菌株的基因组DNA；用35条ISSR引物对不同地理来源的8株菌株进行预扩增，之后选用其中扩增条带数多的引物对所有参试菌株进行扩增，将数据整理成0、1矩阵，利用NTSYSpc（Version2.10e）、PopGene（Version 1.32）和GenAIEx6.51软件分别进行聚类分析和主成分分析。【结果】35条ISSR引物中，有6条多态性丰富，条带清晰；供试6条引物共扩增出63条多态性条带，多态性比例为100%。菌株间的遗传相似系数为0.3100～0.9300。当遗传相似系数为0.4180时，37株Epicoccum被划分为5个类群。5个居群的平均遗传一致度（I_(N)）和平均遗传距离（D）分别为0.9168和0.0871，37株供试菌株的平均基因多样性指数（H）和Shannon’s信息指数（I）分别为0.3628和0.5388，均高于5个居群的平均值（0.3121和0.4606），相对应的遗传分化系数（Gst）为0.1289，基因流值（Nm）为3.3794。【结论】从聚类分析结果可知ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性，不同地理来源的菌株之间遗传相似性较高；主成分分析（PCoA）结果表明遗传多样性与菌株的地理来源不存在明显相关性。